Более 50 лет активной творческой деятельности  Д.Алиева посвящено  исследованиям теории фотосинтетической продуктивности как основы урожайности сельскохозяйственных растений, главным образом,  пшеницы. В своей последовательной и целенаправленной деятельности Д.Алиев развивал комплексные исследования фотосинтеза как основы продукционного процесса. Круг этих исследований охватывает физиологические, биофизические, биохимические и молекулярно-генетические основы продуктивности растений, а также изучение продукционных процессов на всех уровнях структурно-функциональной организации жизнедеятельности растительного организма - от молекулярного до уровня целого растения и посева. При этом можно выделить следующее:

• Разработаны принципы, определяющие высокую продуктивность и урожайность пшеницы идеального типа;

• Исследован углекислотный газообмен растений в посевах и выявлен широкий диапазон вариабельности ассимиляции углекислоты в зависимости от морфофизиологических признаков генотипов и их донорно-акцепторных отношений;

• Изучен углеродный метаболизм, транспорт и распределение ассимилятов, образованных в листьях и колосе контрастных генотипов с применением 14СО₂ и установлена роль отдельных органов в наливе зерна; 

• В противоположность распространенному ранее представлению о расточительстве фотодыхания, многолетними разносторонними исследованиями по интенсивности газообмена, метаболизму углерода и активности фермента РБФК/О с использованием различных генотипов пшеницы, выращенных в полевых условиях и контрастных по продуктивности, доказано, что фотодыхание является одним из эволюционно сформировавшихся жизненно-важных  метаболических процессов и стремление различными способами  снизить фотодыхание с целью повышения продуктивности растений несостоятельно. Расшифрованы полные нуклеотидные и аминокислотные последовательности ключевых ферментов фотосинтеза и фотодыхания – фосфоенолпируваткарбоксилазы и  фосфоглюколатфосфатазы;

• На основе изучения физиологии минерального питания растений разработана система применения макро- и микроэлементов и новая технология изготовления капсулированного азотного удобрения с запрограммированным высвобождением азота из капсулы;

• Выяснены закономерности распределения в почвенно-растительном покрове долгоживущих нуклидов 90Sr и 137Cs, установлены прогнозы возможного загрязнения растений и разработаны практические рекомендации;

• Изучена структурно-молекулярная организация фотохимических систем хлоропластов и предложена модель топографии пигмент-белковых комплексов в тилакоидной мембране хлоропластов;

• Исследованы структурно-функциональные взаимоотношения в фотосинтетических мембранах и предложены механизмы динамики зарядов в реакционных центрах и в каталитическом центре окисления воды фотосистемы II;

• сследована фотосинтетическая способность хлоропластов в онтогенезе различных генотипов пшеницы;

• Изучены синтез и сборка пигмент-белковых комплексов в фотосинтетических мембранах хлоропластов и выяснены молекулярно-генетические механизмы их формирования;

• Изучены ключевые ферменты фотосинтеза, исследована структурно-функциональная организация карбоангидразы высших растений, впервые получены кристаллы из листьев нута (Cicer arietinum) и предложена молекулярная модель её четвертичной структуры;

• Создана геномная библиотека хлоропластной ДНК Cicer arietinum, с помощью векторных систем осуществлен перенос чужеродных генов и получены растения-регенеранты;

• Для идентификации геномов различных видов рода Triticeae получены специфичные CAPS маркеры и изучен их полиморфизм;

• Осуществлен индуцированный морфогенез в культуре клеток пшеницы и реконструированы растения, послужившие исходным материалом в селекции;

• Изучены биохимические пути передачи внеклеточных сигналов, вырабатываемых окружающей средой клеток;

• Исследована возможная роль фотосинтетических изменений в адаптации растений к экстремальным условиям выращивания;

• Создана база данных и разработаны компьютерные программы для идентификации промоторов РНК-полимеразы II и потенциальных регуляторных элементов транскрипции.  Выявлены особенности переноса ДНК органелл в ядерный геном, организация и экспрессия генов в ядерном геноме риса и арабидопсиса;

• Создано представление о «хорошем» фотосинтезе и об «идеальной»  пшенице;

• Создан целый ряд сортов твердой (Triticum durum L.) и мягкой (Triticum aestivum L.) пшеницы, таких как Гарагылчыг-2, Вугар, Шир Аслан-23, Баракатли-95, Алинджа-84, Тертер, Гийматли-2/17, Акинчи-84, Азаматли-95, Нурлу-99, Гырмызы гюл, Рузи-84, Гобустан-99 и др. с урожайностью 7-8 т/га и отличным качеством зерна. Эти сорта занимают большую часть посевной площади пшеницы Азербайджана и дали хорошие показатели в Туркмении, Узбекистане и Грузии;

• Создан богатейший генофонд пшеницы, охватывающий несколько тысяч генотипов;

• Созданы научные лаборатории, оснащенные новейшим оборудованием;

• Подготовлены научные кадры, успешно работающие как в Азербайджане, так и в ведущих научных центрах СНГ, США, Канады, Японии, Южной Кореи,  Австралии, Израиля и стран Европы;

• Создана Национальная программа по генетическим ресурсам растений, разработана стратегия по сохранению и рациональному использованию биоразнообразия, создан генбанк растений Азербайджана;

• Изучены биоэтические проблемы исследований в современной биологии, сельском хозяйстве и медицине  и выяснены пути их решения.

1. Д.А.Алиев. Влияние микроэлементов на некоторые физиологические процессы и урожайность озимой пшеницы. Применение микроэлементов в сельском хозяйстве и медицине, Рига, 1959, С.335-339.

2. Д.А.Алиев, М.Г.Абуталыбов. Влияние микроэлементов на фотосинтез и углеводный обмен растений. Труды пятого Международного биохимического конгресса, Москва, 1961 г.: Рефераты секции сообщений, М., 1962, Т.2, С.87-88.

3. Д.А.Алиев. Значение микроэлементов в метаболизме проводящих тканей растений. Микроэлементы в сельском хозяйстве и медицине, Киев, 1963, С.114-118.

4. Д.А.Алиев. О влиянии микроэлементов на активность цитохромоксидазы в растениях. Доклады Академии Наук СССР,1964, Т.156, № 1, С. 207-208.

5. Д.А.Алиев. Фотосинтетическая деятельность и урожайность посевов баклажана в связи с применением удобрений. Агрохимия, 1968, № 10, С. 46-51.

6. Д.А.Алиев. Превращение аскорбиновой кислоты в сортах пшеницы различной зимостойкости. Физиология  и биохимия культурных растений, 1970, Т. 2, Вып. 5, С.524-526.

7. Д.А.Алиев. Фотосинтетическая деятельность, минеральное питание и продуктивность растений.  Баку: Элм, 1974, 335 с.

8. Д.А.Алиев, М.А.Абдуллаев. Глобальный стронций-90 и цезий-137 в почвах Азербайджанской ССР. Экология, 1977, № 4, С.91-92.

9. Д.А.Алиев, Э.Г.Казибекова. Об архитектонике и фотосинтетической функции высокоурожайной пшеницы. Физиология растений, 1977, Т. 24, № 5, С.962-968.

10. Д.А.Алиев, М.А.Абдуллаев, А.Т.Тагиев. Распределение 90Sr и 137Cs в пахотных почвах сухих (субтропических) степей Малого Кавказа в пределах Азербайджанской ССР. Почвоведение, 1977, № 7, С.34-35.

11. Д.А.Алиев, Э.Г. Казибекова. Структура фотосинтезирующей системы посевов пшеницы как условие использования энергии солнечной радиации. Вестник сельскохозяйственной  науки СССР, 1979, № 5, С.43-49.

12. А.А.Москаленко, С.Ю.Сулейманов, Н.Ю.Кузнецова, Ю.Е.Ерохин, Д.А.Алиев. Спектральные характеристики и особенности состояния пигментов в светособирающем комплексе из хлоропластов пшеницы. Физиология растений, 1982, Т. 29, Вып. 4, С. 687-696.

13. А.А.Ясников, Д.А.Алиев, А.З.Мурадов, Н.В.Волкова, Н.П.Канивец, Л.И.Василенок, Л.С.Мушкетик, А.Н.Борисевич, П.С.Пелькис. Роль пирофосфата в фотофосфорилировании в хлоропластах растений. Доклады Академии Наук СССР, 1982, Т. 264, № 6, С. 1508-1510.

14. С.Ю.Сулейманов, А.А.Москаленко, Д.А.Алиев, Ю.Е.Ерохин. Состав и спектральные характеристики хлорофилл-белковых комплексов, выделенных из мембран хлоропластов пшеницы методом электрофореза. Физиология растений, 1983, Т. 30, Вып. 3, С. 557-562.

15. Д.А.Алиев, М.А.Абдуллаев. Стронций-90 и цезий-137 в почвенно-растительном покрове Азербайджана. М.: Наука, 1983, 101 с.

16. Д.А.Алиев, Т.Г.Мамедов, И.С.Ахмедов, Р.И.Халилов. Быстрая биоэлектрическая реакция клеток листьев элодеи на УФ-излучение. Доклады Академии Наук СССР, 1984, Т. 274, № 6, С.1491-1493.

17. Д.А.Алиев, В.Л.Цупрун, Н.М.Гулиев, Т.Г.Мамедов. О четвертичной структуре карбоангидразы листьев двудольного растения Cicer arietinum. Доклады Академии Наук СССР, 1985, Т. 285, № 6, С. 1472-1475.

18. Д.А.Алиев, М.А.Абдуллаев. Поведение 90Sr и 137 Сs в почвах и накопление их в растениях. Экология, 1985, № 2, С. 85-89.

19. Н.М.Гулиев, Т.Г.Мамедов, Д.А.Алиев. Субъединичная структура карбоангидразы листьев нута. Доклады Академии Наук СССР,1985, Т.280, № 6, С.1466-1468.

20. J.A.Aliev, A.A.Asadov, I.S.Zulfugarov. Study of organization of photosynthetic pigments in vivo: A new experimental approach.  Abstracts of the 13th International Congress of Biochemistry, Amsterdam (The Netherlands), 1985, P.401.

21. N.M.Guliev, T.G.Mamedov, J.A.Aliev.  Carbonic anhydrase from Cicer arietinum leaves: physical-chemical and catalytical properties. Abstracts of the 13th International Congress of Biochemistry, Amsterdam (The Netherlands), 1985, P.64.

22. Д.А.Алиев, А.З.Мурадов, Т.Н.Юсифов, А.Ч.Мамедов, Г.В.Абилов. Изучение структурной организации хлоропластной ДНК. I. Получение геномной библиотеки хлоропластной ДНК шпината. Известия АН АзССР (серия биологических наук), 1986, № 4, С.3-7.

23. А.З.Мурадов, Д.А.Алиев. Конструирование промежуточных векторов для переноса и экспрессии чужеродных генов в высших растениях. Известия АН АзССР (серия биологических наук), 1986, № 3, С.101-108.

24. А.А.Асадов, И.С.Зулфугаров, С.Ю.Сулейманов, Д.А.Алиев. Об организации пигментов в светособирающем комплексе и пигмент-белковом комплексе фотосистемы I хлоропластов шпината. Доклады Академии Наук СССР, 1986, Т. 287, № 2, С. 444-447.

25. Д.А.Алиев, Н.И.Ахмедов, И.С.Ахмедов, О.О.Лялин. Стимулирующее и ингибирующее действие СО2 на электрогенез плазмалеммы корневого волоска. Физиология растений, 1986, Т.33, № 6, С.1045-1049.

26. Д.А.Алиев, Н.М.Гулиев, Т.Г.Мамедов, В.Л.Цупрун. Физико-химические свойства и четвертичная структура карбоангидразы листьев нута. Биохимия, 1986, Т. 51, Вып. 11, С. 1785-1794.

27. J.A.Aliev, N.M.Guliev, V.L.Tsuprun. The quarternary structure of carbonic anhydrase from Cicer arietinum leaves. Abstracts of the 17th Meeting of the Federation of European Biochemical Societies (FEBS), West Berlin, 1986, P.277.

28. J.A.Aliev, A.Z.Muradov, N.I.Piriev, Sh.M.Zakhrabekova, A.N.Lobanov.  Transport of the foreign genes and proteins to the higher plants. Abstracts of the 18th Meeting of the Federation of European Biochemical Societies (FEBS), Ljubljana (Yugoslavia), 1987, P.145.

29. A.A.Asadov, I.S.Zulfugarov, K.M.Akhmedly, S.Yu.Suleimanov, J.A.Aliev. Topography of the pigment-protein complexes of chloroplast thylakoid membrane. Abstracts of the 18th Meeting of the Federation of European Biochemical Societies (FEBS), Ljubljana (Yugoslavia), 1987, P.250.

30. J.A.Aliev, A.Z.Muradov, N.I.Piriev, Sh.M.Zakhrabekova, A.N.Lobanov. Construction of the vectors for expression of the foreign genes in the higher plants. Abstracts of the 4th European Congress on Biotechnology, Amsterdam (The Netherlands), 1987, P.112.

31. Д.А.Алиев, Э.Г.Казибекова. Значение фотосинтетических признаков в урожайности и  селекции идеальной пшеницы. Труды научного сообщения “Проблемы генетики, селекции и интенсивной технологии сельскохозяйственных культур”, Душанбе, 1987, С.6-8.

32. А.А.Асадов, И.С.Зулфугаров, Д.А.Алиев. Выявление тонкой структуры спектров поглощения листьев ячменя. Биофизика, 1987, Т. XXXII, Вып. 1, С. 116-120.

33. А.А.Асадов, И.С.Зулфугаров, С.Ю.Сулейманов, Д. А. Алиев. Исследование топографии пигмент-белковых комплексов в тилакоидной мембране хлоропластов. Доклады Академии Наук СССР, 1987, Т. 294, № 3, С. 703-707

34. Д.А.Алиев, Э.Г.Казибекова, С.А.Сафаров, Г.А.Ахмедов, А.А.Джангиров. Эффективность применения азотного удобрения с запрограммированным выделением питательных веществ из капсулированной гранулы. Доклады  ВАСХНИЛ, 1987, № 11, С.20-21.

35. С.Э.Разиев, Н.В.Низовская, Г.А.Хромова, Д.А.Алиев. О первичных процессах фотосинтеза в проростках пшеницы разной продуктивности. Физиология растений, 1987, Т.34, вып.2, С.237-244.

36.  M.A.Abdullaev, J.A.Aliev. Longliving natural radionuclides in soil plants of the Azerbaijan SSR. Proceedings of the Sixth Tihany Symposium on Radiation Chemistry (eds. by P.Hedvig, L.Nyikos and  R.Schiller), Akademiai Kiado,  Budapest, 1987, V. 2, P. 725-728.

37. Д.А.Алиев,  И.В.Азизов, Э.Г.Казибекова. Фотосинтетическая способность и развитие хлоропластов в онтогенезе пшеницы. Баку: Элм, 1988, 116 с.

38. Д.А.Алиев, Э.Г.Казибекова. Значение фотосинтетических признаков в урожайности и использование их в селекции идеальной пшеницы. В кн.: Фотосинтез и продукционный процесс (Отв.ред. А.А.Ничипорович), М.: Наука, 1988, С.237-242.

39. Д.А.Алиев, Э.Г.Казибекова, И.В.Азизов. Фотосинтетическая активность хлоропластов у пшеницы различной урожайности. Фотосинтез, развитие и продуктивность сельскохозяйственных культур (сборник научных трудов по прикладной ботанике, генетике и селекции),  Л., 1988, Т. 121, С. 4-10.

40. Е.П.Феденко, К.К.Касумов, Н.Г.Доман. Циклическая АМФ  фосфодиестераза  и фитохром. Известия Академии Наук СССР (серия биологическая), 1988, Т.5, С.740-746.

41. Д.А.Алиев, Н.М.Гулиев. Карбоангидраза растений. М.: Наука, 1990, 175 с.

42. И.В.Азизов, Д.А.Алиев, Н.М.Халилова. Фотохимическая активность хлоропластов пшеницы и сорных растений при действии гербицида бромоксинила. Сельскохозяйственная биология (Серия биология растений), 1991, № 3, С. 159-164.

43. Д.А. Алиев, Т.Д.Гюлалиев, Р.М.Алексахин. Распределение 90Sr и 137Cs в почвах Азербайджана и накопление этих радионуклидов сельскохозяйственными растениями. Агрохимия, 1991, № 11, С. 89-95.

44. Е.П.Феденко, К.К.Касумов, М.С.Крицкий. Регуляция цАМФ фосфодиэстеразы в проростках кукурузы красным-дальним красным светом. Физиология растений, 1991, Т.38, С.917-922.

45. Д.А.Алиев, С.Ю.Сулейманов, И.М.Гусейнова, А.А.Асадов, М.А.Исмайлов. Действие специфических ингибиторов трансляции на полипептидный состав и спектральные свойства хлоропластов пшеницы.  Биохимия, 1992,Т. 57, Вып. 5, С. 679-686.

46. Д.А.Алиев, Р.У.Махмудов. Белковый комплекс зерна пшеницы. Баку: Элм, 1992, 126 с.

47. Д.А.Алиев, Т.Д.Гюлалиев, Р.М.Алексахин. Распределение в почвах и содержание в растениях 238U и 232Th и влияние удобрений на накопление этих радионуклидов в урожае сельскохозяйственных культур в условиях Азербайджана. Агрохимия, 1992, № 1, С. 84-90.

48. Н.М.Гулиев, Ш.М.Байрамов, Д.А.Алиев. Функциональная организация карбоангидразы высших растений. Физиология растений, 1992, Т. 39, Вып. 4, С. 815-824.

49. A.A.Asadov, N.A.Fataliev, I.S.Zulfugarov, J.A.Aliev. Spectral characteristics and orientation of native forms of pigments in chloroplasts of barley seedlings under intermittent and continuous irradiation. Photosynthetica, 1992, V. 26, № 3, P. 381-387.

50. S.I.Allakhverdiev, V.V. Klimov. Photoreduction of NADP+ in photosystem II of higher plants: requirement for manganese. Z. Naturforsch., 1992, V.47, P.57-62

51. J.A.Aliev, S.Yu.Suleimanov, I.M.Guseinova, M.A.Ismailov, A.A.Asadov. Effect of specific translation inhibitors on polypeptide composition and spectral characteristics of wheat thylakoid membranes. Photosynthetica, 1993, V. 29, № 3, P. 361-367.

52. Ш.М.Захрабекова, В.А.Аджалов, Т.Г.Карагезов, Д.А.Алиев. Конструирование химерного гена Кmr и его экспрессия в трансформированных растениях табака. Доклады Российской Академии Наук, 1994, Т. 337, № 4,  С. 532-534.

53. А.А.Aсадов, Н.В.Котлярова, И.С.Зулфугаров, Д.А.Алиев. Спектральные характеристики и ориентация нативных форм пигментов в хлоропластах проростков ячменя при непрерывном и прерывистом освещении. Биофизика, 1995, Т. 40, Вып. 2, С. 245-251.

54. J.A.Aliev, E.G.Kazibekova. Peculiarities of highly productive wheat photosynthesis and usage of photosynthetic signs in selection. Proceedings of the Xth International Congress on Photosynthesis, Montpellier (France), 1995. In: “Photosynthesis: from Light to Biosphere” (ed. by P. Mathis), Kluwer Academic Publishers, Dordrecht, Boston, London, 1995, V.5, Pp.659-662.

55. Д.А.Алиев, З.И. Акперов. Фотосинтез и урожай сои. Москва-Баку: Родник, 1995, 126 с.

56. J.A.Aliev, N.M.Guliev, S.Kh.Kerimov, R.B.Hidayatov.  Photosynthetic enzymes of wheat genotypes differing in productivity. Photosynthetica, 1996, V. 32, № 1, P. 77-85.

57. V.V.Klimov, S.I.Allakhverdiev, Ya.M.Feyziev, S.V.Baranov. Bicarbonate requirement for the donor side of  photosystem II. FEBS Letters, 1995, V.363, P.251-255.

58. S.I.Allakhverdiev, Ya.M.Feyziev, A.Ahmed, H.Hayashi, J.A.Aliev, V.V.Klimov, N.Murata, R.Carpentier. Stabilization of oxygen evolution and primary electron transport reactions in photosystem II against heat stress with glycinebetaine and sucrose. Journal of Photochemistry and Photobiology B: Biology, 1996, № 34, P. 149-157.

59. Д.А.Алиев, С.Х.Керимов, Н.М.Гулиев, А.А.Ахмедов. Особенности метаболизма углерода у генотипов пшеницы, контрастных по фотосинтетическим признакам. Физиология растений , 1996, Т. 43, № 1, С. 49-56.

60. Д.А.Алиев, С.Х.Керимов, А.А.Джангиров, А.А.Ахмедов. Транспорт и распределение 14С-ассимилятов у генотипов пшеницы, различных по фотосинтетическим признакам и урожайности. Физиология растений, 1996, Т. 43, № 1, С. 57-61.

61. Д.А.Алиев, М.А.Абдуллаев. Искусственные и естественные радионуклиды в почвенно-растительном покрове Азербайджана. М.: Россельхозакадемия, 1996, 159 с.

62. J.A. Aliev, S.M. Zakhrabekova, T. Karagezov, V.A. Ajalov. Construction of vectors for npt-II gene transfer into tobacco and the effects of different antibiotics on morphogenesis. Turkish Journal of Botany, 1997, V. 21, № 5, P. 269-274.

63. A.A. Salamov, V.V. Solovyev. Protein secondary structures prediction using local alignments. Journal of Molecular Biology, 1997, V.268, No 1, P.31-36. 

64. J.A.Aliev, M.A.Ismailov, I.S.Zulfugarov. Application of fluorescence kinetics for screening tolerant cultivars in wheat plants. Proceedings of the 9th International Wheat Genetics Symposium, Saskatоon (Canada), 1998, P.5-7.

65. I.S.Zulfugarov, M.A.Ismailov, J.A.Aliev. Effects of high temperature and salt stress on photosynthetic membranes in wheat plants. Proceedings of the 9th International Wheat Genetics Symposium, Saskatoоn (Canada), 1998, P.117-119.

66. I.A.Shahmuradov, N.Sh. Mustafayev, J.A. Aliev. Some possible elements of transcription regulation of rice chloroplast encoded genes. Proceedings of the First International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure, Novosibirsk (Russia), 1998, V.2, P.438-441.

67. М.А.Абдуллаев, Д.А.Алиев. Миграция искусственных и естественных радионуклидов в системе почва-растение. Баку: Элм, 1998, 240 с.

68. D.A.Aliev, Z.I.Akperov. Fotosinteza si recolta de soia. Chisinau: Stiinta, 1998, 128 Pp.

69. Д.Алиев. На пути познания тайны фотосинтеза. Вестник Российской Академии Сельскохозяйственных Наук (научно-теоретический журнал), 1998, С.9-10.

70. J.A. Aliev. Importance of photosynthesis of various organs in protein synthesis in grain of wheat genotypes under water stress. Proceedings of the XIth International Congress on Photosynthesis, Budapest (Hungary), 1998. In: “Photosynthesis: Mechanisms and Effects”  (ed. by G.Garab), Kluwer Academic Publishers, Dordrecht, Boston, London,1998, V.5,  Pp. 3829-3832.

71. M.A.Ismailov, I.S.Zulfugarov, Ya.M.Feyziev, J.A.Aliev. The effect of water deficit on wheat thylakoid membranes. Proceedings of the XIth International Congress on Photosynthesis, Budapest (Hungary), 1998. In: “Photosynthesis: Mechanisms and Effects” (ed. by G.Garab), Kluwer Academic Publishers, Dordrecht, Boston, London, 1998, Vol.IV, Pp. 2573-2576.

72. A.Ch.Mamedov, I.A.Shahmuradov, Z.J.Suleymanova, J.A.Aliev. Some peculiarities of Cicer Arietinum chloroplast genome. Proceedings of the XIth International Congress on Photosynthesis, Budapest (Hungary), 1998. In: “Photosynthesis: Mechanisms and Effects” (ed. by G.Garab), Kluwer Academic Publishers, Dordrecht, Boston, London, 1998, Vol.IV, Pp. 3039-3042.

73. S.Yu.Suleimanov, I.M.Guseinova, S.N.Novruzova, J.A.Aliev. Assembly of functional components of chloroplast thylakoid membranes in intermittent light. Proceedings of the XIth International Congress on Photosynthesis, Budapest (Hungary), 1998, In: “Photosynthesis: Mechanisms and Effects” (ed. by G.Garab), Kluwer Academic Publishers, Dordrecht, Boston,London,1998, Vol.IV, Pp. 3171-3174.

74. K.Suzuki, T.Mamedov, I.Tomoyoshi. A mutant of Chlamydomonas reinhardtii with reduced rate of photorespiration. Plant Cell Physiology, 1999, V.40, No 8, P.792-799.

75. A.A. Salamov, M.Suwa, C.A. Orengo. Genome analysis: assigning protein coding regions to three –dimensional structures. Protein Science, 1999, V.8, P.771-777.

76. V.V.Solovyev, A.A.Salamov. INFOGENE: a database of known gene structures and predicted genes and proteins in sequences of genome sequencing projects. Nuclear Acid Research, 1999, V.17, P.148-250.

77. S.I.Allakhverdiev, Y.Nishiyama, I.Suzuki, Y.Tasaka, N.Murata. Genetic engineering of the unsaturation of fatty acids in membrane lipids alters the tolerance of Synechocystis to salt stress. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1999, V.96, P.5862-5867

78. J.A.Aliev, I.A.Shahmuradov, A.H.Hajiev. Chloroplast Comparative Genomics: Putative Transcription Regulatory Elements.Cambridge Healthtech Institute’s Second Annual “Integrated Bioinformatics”, High-Throughput Interpretation of Genes and Proteins, Zurich (Switzerland), 2000.

79. I.M.Guseinova, S.Yu. Suleimanov, I.S.Zulfugarov, J.A. Aliev.  Assembly of the light-harvesting complexes during plastid development. Journal of Fluorescence, 2000, V. 10, No. 3, P. 255-259.

80. I.A.Shahmuradov, Y.Yu.Akberova, N.Sh.Mustafayev, A.U.Abdulazimova, J.A.Aliyev. Computer analysis reveals a set of additional promoter elements upstream of maize plastid genes. Proceedings of the Second International Conference of Bioinformatics of genome regulation and structure, Novosibirsk  (Russia), 2000, V.1, P.142-144.

81. Д.А.Алиев, И.М.Гусейнова, С.Ю.Сулейманов, И.С.Зулфугаров. Светоиндуцированный                биогенез хлорофилл-белковых комплексов в развивающихся тилакоидах пшеницы. Биохимия, 2001, Т.66, вып. 5, С. 610-616.

82. J. Aliev, P. Gandilian, P. Naskidashvili,  A. Morgunov. Caucasian Wheat Pool. In: The World Wheat Book: A History of Wheat Beading (eds. by A.P.Bonjean and W.J.Angus), Londres-Paris-New York, 2001, Pp. 830-849.

83. T.Mamedov, K.Suzuki. Phosphoglycolate phosphate from Chlamydomonas reinhardtii. Journal of Biological Chemistry, 2001, V.276, P.45573-45579.

84. S.I.Allakhverdiev, M.Kinoshita, M.M. Inaba, I.Suzuki, N.Murata. Unsaturation of fatty acids in membrane lipids protects the photosynthetic machinery against the salt-induced damage in Synechococcus. Plant Physiology, 2001, V.125, P. 1842-1853.

85. J.A.Aliev. Physiological bases of wheat breeding tolerant to water stress. Proceedings of the 6th International Wheat Conference, Budapest, Hungary, 2000. In: “Wheat in a Global Environment” (eds. by Z. Bedo and L.Lang), Kluwer Academic Publishers, Dordrecht, Boston, London, 2001, Vol.9, Pp. 693-698.

86. J.A.Aliyev. Diversity of photosynthetic activity of wheat genotypes and breeding of high-yield varieties tolerant to water stress. Proceedings of 12th International Congress on Photosynthesis, Brisbane, Australia, 2001. www.publish.csiro.au/ps2001, S28-006.

87. I.M.Guseinova, S.Yu.  Suleimanov, J.A. Aliev. Regulation of chlorophyll-protein complexes formation and assembly in wheat thylakoid membrane. Journal of Biochemistry and Molecular Biology, 2001, V.34, P.496-501.

88. Н.М.Гулиев, Г.Г. Бабаев, Ш.М. Байрамов, Д.А. Алиев Очистка, свойства и локализация двух форм карбоангидразы листьев Amaranthus cruentus. Физиология растений, 2003, Т.50, №2, С.1-8.

89. S.I.Allakhverdiev, H.Hayashi, Y.Nishiyama, A.G.Ivanov, J.A.Aliyev, V.V.Klimov, N.Murata, R.Carpentier. Glycinebetaine protects the D1/D2/Cyt559 complex of photosystem II against photo-induced and heat–induced inactivation. J. of Plant Physiology,2003, V.150, No1, P.41-49.

90.        I.A. Shahmuradov, Y.Yu. Akberova, V.V. Solovyev, J.A.  Aliyev. Abundance of plastid DNA insertions in nuclear genomes of rice and arabidopsis. Plant Molecular Biology, 2003, V.52, P.923-934.

91. И.М.Гусейнова, С.Ю.Сулейманов, Д.А. Алиев. Сборка пигмент-белковых комплексов в каротиноид-дефицитных мембранах пластид из проростков пшеницы, обработанных норфлуразоном. Биохимия, 2004, т.69. вып. 6, С. 801-808.

92. J.A. Aliyev.  CO2 assimilation, architectonics and productivity of wheat genotypes in sowing. Proceedings of the 13th International Congress of Photosynthesis, Montreal, Canada, 2004. In: “Photosynthesis: Fundamental Aspects to Global Perspectives” (eds. by A. van der Est and D.Bruce), Alliance Communications Group, Kansas, 2004, Vol.2, Pp. 1047-1048.

93. N.M. Guliyev, E.B. Abdullayeva, Sh.M. Bayramov, J. A. Aliyev. Induction of C4-photosynthesis enzymes in C3-plants. Proceedings of the 13th International Congress of Photosynthesis, Montreal, Canada, 2004. Photosynthesis: Fundamental Aspects to Global Perspectives (eds. by A.van der Est and D.Bruce), Alliance Communications Group, Lawrence, Kansas, 2004, v.2, Pp.616-618.

94. M.A. Ismailov, J.A. Aliyev. Effects of water stress on photochemistry and on the thermotolerance of Photosystem II in wheat plants. Proceedings of the 13th International Congress of Photosynthesis, Montreal, Canada, 2004.In: Photosynthesis: Fundamental Aspects to Global Perspectives (eds. by A.van der Est and D.Bruce), Alliance Communications Group, Lawrence, Kansas, 2004, v.2, Pp.631-632.

95. S.Y. Suleymanov, I.M. Guseynova. J.A. Aliyev. Effect of water deficit on the thylakoid membrane of two wheat cultivars. Proceedings of the 13th International Congress of Photosynthesis, Montreal, Canada, 2004. In: Photosynthesis: Fundamental Aspects to Global Perspectives (eds. by A.van der Est and D.Bruce), Alliance Communications Group, Lawrence, Kansas, 2004, v.2, Pp.959-961.

96. I.M. Guseinova, S.Y. Suleimanov, J.A.Aliyev. The effect of noflurazon on protein composition and chlorophyll organization in pigment-protein complex of photosystem II. Photosynthesis Research, 2005, v.84, No 1-3, p.71-76.

97. И.М.Гусейнова, С.Ю.Сулейманов, Д.А.Алиев. Белковый состав и нативное состояние пигментов тилакоидных мембран генотипов пшеницы различной толерантности к водному стрессу. Биохимия, 2006, т.71, вып.2, с.223-228 .

98. Huseynova I.M., Suleymanov S.Y., Aliyev J.A.   Structural-functional state of thylakoid membranes of wheat genotypes under water stress.  Biochimica et Biophysica Acta (BBA), 2007, v.1767, issue 6, p.869-875.

99. Aliyev J.A.   The intensity of CO2 assimilation, photorespiration and productivity of wheat genotypes (triticum l.) Abstracts of the 14th International Congress of Photosynthesis, Glasgow, Scotland, 2007. In: Photosynthesis Research, 2007, v.91, Nos.2-3, p.278.

Членство в международных и зарубежных научных учреждениях:

Иностранный член Российской Академии Сельскохозяйственных Наук (1995 г.),

Иностранный член Украинской Академии Аграрных Наук (1995 г.)

Иностранный член Академии Аграрных Наук Республики Беларусь (1996 г.)

Член Международного общества по Молекулярной Биологии Растений (1994 г.);

Член Американского общества Биологов Растений (1994 г.);

Член Международного общества по Исследованию Фотосинтеза (1995 г.);

Член общества Физиологов Растений Японии (1997 г.);

Член Международного общества по Клеточному Стрессу (1998 г.).

Председатель Руководящего Комитета по Генетическим Ресурсам Растений и руководитель Национальной Программы по Генетическим Ресурсам (1996 г.);

Председатель Национального Комитета по биоэтике, этике науки и технологии при ЮНЕСКО (1999 г.);

Уполномоченный представитель Международного общества по охране новых сортов растений (2004 г.)

Награды и почетные звания:

Заслуженный деятель науки (1982 г.),

Медал «За Доблестный Труд в Великой Отечественной Войне 1941-1945 гг.» (1946 г.),

Дважды удостоен  ордена Трудового Красного Знамени (1978 и 1986 гг.) и многих других медалей.

Орден Независимости (1998)

Орден Славы Грузинской Республики (2003)

Почетный диплом Президента Азербайджанской Республики (2008)

Зав. отделом молекулярно- генетических основ продукционных nроцессов Института Ботаники Национальной Академии Наук Азербайджана;
Зав. отделом физиологии растений Института земледелия МСХ АР;
член Президиума Национальной Академии Наук Азербайджана

Место работы и адрес:

Институт ботаники НАНА, АЗ1073, Азербайджанская Республика, г. Баку, ул. Истиглалийят, 10, Бадамдарское шоссе, 40